Sebelum tahun 1986, sesuai dengan kebijakan Pemerintah Pusat melalui Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Timur SPG Negeri Nganjuk yang waktu itu dipimpin oleh Bapak Karyadi BA, akan dikembangkan menjadi sekolah yang lebih besar sebagai Sekolah Pendidikan Guru (SPG) percontohan. Rencananya akan dibangun gedung baru lengkap dengan fasilitas aula, asrama baik untuk siswa maupun Guru/karyawan

Rencana pembangunan dilaksanakan melalui dua tahap. Tahap pertama akan dibangun gedung ruang kelas baru dan tahap kedua akan dibangun asrama dan aula. Pada saat pembangunan tahap pertama selesai, turun kebijakan pemerintah pusat, bahwa SPG diseluruh Indonesia akan dibekukan operasionalnya. Sehingga pembangunan tahap kedua yaitu pembangunan asrama dan aula tidak jadi dilanjutkan. Selanjutnya gedung yang sudah terlanjur dibangun, oleh pemerintah akan digunakan untuk Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD) program D2 (Diploma 2). Namun rencana itupun tidak jadi dilaksanakan, dan terbitlah KEPUTUSAN MENTERI PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR: 0342/U/1989 TANGGAL 5 JUNI 1989. PERIHAL: ALIH FUNGSI SEKOLAH PENDIDIKAN GURU DAN SEKOLAH GURU OLAHRAGA MENJADI SLTA LAIN.

Berdasarkan surat keputusan itu SPG Negeri Nganjuk dialih fungsikan menjadi lembaga pendidikan setingkat SLTA (Sekolah Lanjutan Tingkat Atas) dengan nama SMA Negeri 3 Nganjuk. Oleh karena itu sampai dengan sekarang ini belum pernah ada prasasti peresmian Gedung SMA Negeri 3 Nganjuk, karena sesuai rencana  seharusnya gedung ini belum selesai, yaitu pembangunan  aula dan asramanya.

Pada awal tahun pelajaran 1989/1990 SPG Negeri Nganjuk, yang waktu itu dipimpin oleh Bapak Asmuri BA, tidak lagi menerima pendaftaran calon siswa baru. Tetapi tetap menerima pendaftaran calon siswa baru untuk jenjang pendidikan setingkat SLTA yaitu SMA Negeri 3 Nganjuk. Sehingga pada tahun pelajaran 1989/1990 kelas I (satu) merupakan siswa SMA Negeri 3 Nganjuk sedangkan kelas II (dua) dan III (tiga) masih siswa SPG Negeri Nganjuk.

Setelah pada malam sebelumnya Sekolah mengadakan syukuran dengan mengadakan pertunjukan wayang kulit semalam suntuk dengan ki Dalang Panut Darmoko, esoknya pada hari Kamis, tanggal 3 Agustus tahun 1989 seluruh Guru/TU, siswa dan perangkat sekolah seluruhnya diboyong untuk menempati gedung baru di Jalan Seruni Kotak Pos 19 Begadung Nganjuk yang kini menjadi jalan Bengawan Solo No. 109 Begadung, Nganjuk. Selanjutnya setiap tanggal 3 Agustus diperingati sebagai hari jadi SMA Negeri 3 Nganjuk.  Sedangkan gedung SPG Negeri Nganjuk yang sudah tidak ditempati, oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Nganjuk, diserahkan penggunaannya untuk SMP Negeri 5 Nganjuk sampai dengan sekarang.